Museet blev oprettet som en studiesamling i 1949 af den første professor i klassisk arkæologi ved Aarhus Universitet, P.J. Riis. Samlingen bestod i begyndelsen af 500 fund fra Middelhavets kulturkreds deponeret af Nationalmuseet. Hertil kom et større antal gipsafstøbninger fra det gamle Århus Museum. I de første år blev samlingen opbevaret i et par kælderrum under universitetets Aula. Da Solgården i 1960'erne skulle renoveres, lykkedes det daværende professor Kristian Jeppesen at overbevise universitetets ledelse om, at fundamenterne med fordel kunne udnyttes til museumslokaler, og de nye udstillingsrum kunne indvies i 1971. Ved yderligere deponeringer, gaver og indkøb voksede museets samlinger. I 1986 skiftede museet navn til Antikmuseet og fik fast åbningstid to gange om ugen. Museets nuværende form blev til efter en større renovering, hvis endelige resultat stod færdig i 2004.