Museets faste udstillinger fordeler sig på to etager. Det øvre plan koncentrer sig om den græske oldtid, og udgangspunktet er storskulpturens opståen i den arkaiske periode. Gennem de forskellige typer skulptur, gravsteler, atletstatuer, gavlskulpturer osv. kan man observere den rivende udvikling inden for billedhuggerkunsten, som ledte grækerne til de idealiserede skulpturer, som kendetegnede det klassiske Grækenland. Samlingen består af store dele af skulpturen fra Athenas tempel på Akropolis i Athen, samt mange af antikkens mest kendte skulpturer fra den klassiske periode. Et rum i overetagen er desuden indrettet som en afstøbningssamling fra 1800-tallet og fortæller om afstøbningernes udstillingshistorie. Et museum i museet. Yderligere byder museets øvre plan på et betragteligt antal græske mønter, som fortæller deres egen historie om at udvikles fra simple metalklumper til et vigtigt middel for politisk propaganda.

I underetagen ses samlingerne fra Nærorienten og Egypten, som bl.a. består af mumien Tabast. Den hellenistiske periode er repræsenteret ved kendte hovedværker som Laokoongruppen og Den Døende Galler. Den etruskiske samling, som viser aspekter af etruskernes begravelsesskikke byder på et sjældent indblik i det folk, som beboede det tidligere Toscana. Udstillinger om de danske udgravninger af mausolæet og nekropolerne i Halikarnassos viser, hvordan dansk forskning har bidraget til det internationale arkæologiske forskningsfelt såvel som udstillinger af adskillige kejserportrætter viser, hvordan en velstående romer skulle se ud.